核能研究所著重核能安全、环境能源、辐射应用等三研发领域，并于2014年成立能源经济及策略研究中心，透过能源工程模型、能源经济模型、能源统计、能源策略研究及社会意向调查等研究方法，进行能源政策的研拟，以提供政府订定能源政策的参考。