核能研究所著重核能安全、環境能源、輻射應用等三研發領域，並於2014年成立能源經濟及策略研究中心，透過能源工程模型、能源經濟模型、能源統計、能源策略研究及社會意向調查等研究方法，進行能源政策的研擬，以提供政府訂定能源政策的參考。